L'apostolo Giovanni, così come accade a Pietro, è presentato nelle due fasi della prima e della seconda conversione. La prima conversione è rappresentata da Gv 1,37, dove l'Apostolo si mette in cammino per incontrare Cristo. Infatti, la prima conversione è incentrata soprattutto su quello che io faccio per Dio, dal momento che, questa prima fase, consiste in un riordino generale della mia vita alla luce della fede; e questo non è Dio che lo fa, ma devo farlo io. C'è una garanzia della grazia e del suo sostegno in questa mia opera, indubbiamente il Signore sosterrà la mai buona volontà, ma questa opera è prevalentemente mia. Il Signore subentrerà con le purificazioni passive, quando io avrò finito di riordinare la mia vita nei comportamenti e nelle motivazioni. Quando avrò raggiunto quella purificazione possibile alle mie forze, lo Spirito di Dio comincerà la sua, e si entra così nella "notte oscura" che prelude alla seconda conversione. L'Apostolo Giovanni, in Gv 1,37, presenta se stesso nella disposizione attiva di impostare la propria vita sulla base dell'insegnamento del Messia: "Maestro, dove abiti?". Ma lo stesso Apostolo ed evangelista presenterà se stesso anche con un'altra definizione: "Il discepolo che Gesù amava"; questa definizione non compare nel vangelo prima dell'ultima cena. Se in 1,37 Giovanni si muove verso Cristo, amandolo con le sue forze, in Gv 13,24 ci appare come "il discepolo amato", che riceve da Cristo le sue confidenze. Questo lasciarsi amare da Cristo equivale ad accettare la sua pedagogia nella propria vita senza resistenze, senza condizioni, senza irrigidirsi dinanzi all'opera del vasaio, rischiando di impedire all'artista il compimento del suo capolavoro. Una delle caratteristiche della seconda conversione è infatti una docilità nuova e incondizionata alla divina pedagogia.
Nel capitolo 13 del vangelo di Giovanni troviamo un altro insegnamento esplicito sulla seconda conversione, che è in un certo qual modo parallelo a quello già visto in Lc 22, 31-34, con lo stesso personaggio, ossia l'apostolo Pietro. Nel vangelo di Luca, Cristo gli annunciava una seconda conversione, un nuovo ravvedimento, dopo che Satana avrebbe vagliato come si vaglia il grano il gruppo dei Dodici. Durante l'ultima cena, e precisamente nel contesto della lavanda dei piedi, proprio parlando con Simon Pietro, Cristo ritorna sul tema delle due fasi che è necessario attraversare prima di giungere a una più profonda conoscenza del mistero di Cristo. In Giovanni 13 Gesù si muove verso Simon Pietro e si accinge a lavargli i piedi, ma Pietro gli dice: "Signore, tu lavi i piedi a me? Rispose Gesù: Quello che io faccio tu ora non lo capisci, ma lo capirai dopo" (Gv 13,6-7). Qui notiamo una caratteristica ben precisa della seconda conversione: una nuova e particolare illuminazione che permette di comprendere nella luce di Dio ciò che prima, della sua pedagogia, non era stato compreso. E' chiaro che Cristo stabilisce un prima e un dopo, e che Pietro in questo momento si trova nella medesima condizione descritta da Luca 22, cioè nella prima conversione. La caratteristica della prima conversione, personificata qui da Pietro, è una conoscenza parziale del mistero di Dio e della divina pedagogia. Una seconda caratteristica che va evidenziata, e che fa parte anch'essa della prima conversione, è una insufficiente docilità alla mano di Dio che agisce come un vasaio sulla nostra vita. Al versetto 8 Pietro oppone resistenza a Cristo che sta per lavargli i piedi: "Gli disse Simon Pietro: Non mi laverai mai i piedi!". Questa resistenza è la caratteristica costante della prima conversione. Essa è motivata dalla luce parziale che non permette di vedere lo splendore del disegno di Dio sulla nostra vita e la sapienza con cui la sua mano divina ci guida. Lo sguardo di chi si trova nella prima conversione è infatti offuscato e incapace di riconoscere dove Dio manifesta il suo amore. La resistenza alla divina pedagogia è quindi determinata da questa luce parziale, ma anche da un'altra forma di oscurità: l'illusione che accompagna il battezzato in tutta la fase della prima conversione: la convinzione di sapere che cosa è bene per se e che il progetto che io ho elaborato nella mia vita è migliore, più bello, più perfetto di quello che Dio ha elaborato per me. Da questa illusione deriva la resistenza e l'incapacità di arrendersi al progetto di Dio che ancora è ritenuto inferiore al proprio progetto personale. Nella seconda conversione si entra in una dimensione diversa rappresentata dall'apostolo Giovanni. La caratteristica della seconda conversione è il lasciarsi amare da Cristo, ossia lasciare lo spazio libero all'intervento di Dio, senza resistere con le proprie convinzioni, i propri progetti e disegni personali. La poca docilità è determinata anche da un'insufficiente conoscenza di se stessi: in Luca 22, Pietro professa la sua fedeltà a Cristo fino alla morte, mentre Gesù gli predice un rinnegamento che avrà luogo molto presto. Ben diverso è il Pietro descritto al capitolo 21 del vangelo di Giovanni: dopo che gli eventi del Venerdì Santo hanno frantumato la sua eccessiva sicurezza e gli hanno dato una migliore conoscenza di se stesso. Adesso Pietro, alla domanda "Simone di Giovanni, mi ami?", non risponde più come aveva risposto una volta: "Signore, con te sono pronto ad andare in prigione e alla morte", ma si limita a dirgli semplicemente: "Signore tu sai tutto" (Gv 21,15). In tal modo, Pietro si pone davanti a Cristo lasciandosi amare, è ora arrivato alla seconda conversione, laddove l'Apostolo Giovanni era già al tempo dell'Ultima Cena. Il discepolo Giovanni, infatti, in quella circostanza, descrive se stesso con la definizione "Il discepolo che Gesù amava" (Gv 13,23). Che Giovanni, già al tempo dell'Ultima Cena fosse entrato nella seconda conversione, lo dimostra la sua presenza sotto la croce, unico tra gli Apostoli; questi ultimi, invece, entreranno nella seconda conversione dopo che il buio del Venerdì Santo li avrà introdotto in una luce maggiore.